Ученые Центра передовых технологий при Министерстве инновационного развития секвенировали ген нескольких штаммов коронавируса SARS-CoV-2, выявленных у инфицированных в Узбекистане.
Анализ генотипа (генотипирование) является важным инструментом для выявления мутаций в основной части генома SARS-CoV-2, говорит заместитель директора Центра передовых технологий Алишер Абдуллаев.
– Известно, что коронавирус имеет гены, кодирующие его собственные структурные белки. Эти структурные белки являются потенциальными мишенями для будущих вакцин. Поэтому очень важно до начала разработки вакцины выявлять любые изменения в нуклеотидных последовательностях генов вирусной РНК приводящих к изменению структурных белков.
Кроме того, данные генотипирования могут быть использованы для прогнозирования эффективности глобальной вакцины в некоторых странах, где чаще встречается тот или иной штамм с определённым типом важных мутаций. Поэтому мы решили проанализировать эти структурные гены.
На первом этапе мы расшифровали нуклеотидную последовательность одного из важных структурных генов – N ген, кодирующий фосфопротеин нуклеокапсида (оболочки) коронавируса SARS-CoV-2. Нами выявлены мутации в позиции нуклеотидных позициях 28881G>A, 28882G>A и 28883G>C, две из которых приводят к изменению аминокислотной последовательности структурного белка N (в позиции 203 аргинин на лизин и 204 глицин на аргинин соответственно).
Предварительный анализ выявил, что последовательность гена отличается от исходной – референтного генома штамма коронавируса выявленного в Ухане. Сравнительный анализ информации показал, что штаммы коронавируса SARS-CoV-2 с таким типом мутаций чаще встречаются в Европе.
Данные расшифрованных нуклеотидных последовательностей помещены в международную базу данных — Национальный Центр Биотехнологической Информации (NCBI), где в открытом доступе для научного сообщества хранится информация о различных организмах со всего мира.
При наличии финансирования в перспективе ученые Центра передовых технологий планируют проанализировать большее количество биологического материала, собранного у инфицированных, чтобы получить статистически значимую информацию по распространенности штаммов коронавируса в Узбекистане, их вирулентности и патогенности.
