Вчера пресс-служба Минздрава сообщила о том, что в Узбекистане впервые зарегистрирован «британский штамм» COVID-19. По данным ведомства, вирус попал в республику 23 января 2021 года – его завезла 11-летняя дочь туристов, отдыхавших в Дубае. Анализы были взяты у заболевшей девочки в день прибытия.
Заместитель директора Центра передовых технологий профессор Алишер Абдуллаев рассказал, почему «британский штамм» коронавируса был идентифицирован у больной только через 5 дней.
Как пояснил эксперт, процесс генетической идентификации «британского штамма» достаточно трудоемкий, поскольку методика разработана специалистами Центра самостоятельно и требовалась отработка каждого этапа тестирования.
Вначале ученые получили 33 образца мазков из носоглотки пациентов с COVID-19, у которых подозревали наличие «британского штамма». Первым делом РНК коронавируса всех полученных образцов была переведена в ДНК-форму.
На втором этапе был проведен скрининг на так называемую маркерную мутацию «британского штамма» при помощи реакции Real Time PCR. Профессор Алишер Абдуллаев рассказал, что эту методику ученые Центра разработали сами и впервые применили для анализа реальных пациентов. Одновременно проводилась ее оптимизация: пришлось сделать серию повторных экспериментов, чтобы исключить ошибку. К этому моменту подозрительный образец был уже обнаружен, но ученым нужно было убедиться в том, что в нем присутствует ряд других мутаций, свойственных «британскому штамму».
Специалисты провели пробоподготовку к секвенированию (определению ДНК-последовательности генов). Для этого участки генома коронавируса размножаются в искусственных условиях, очищаются и подготавливаются для секвенирования. Этот процесс наиболее трудоемкий, так как требует ручной постановки серии реакций, подчеркнул эксперт.
После этого обработанные и подготовленные фрагменты ДНК были помещены в аппарат-секвенатор для непосредственного генетического анализа. Как отметил Алишер Абдуллаев, секвенирование проводилось при помощи генетического анализатора SeqStudio (Applied Biosystems, USA), приобретенного центром буквально несколько месяцев назад специально для определения генетических последовательностей коронавируса.
«Для выявления «британского штамма» целевыми участками были выбраны мутации в кодирующем регионе ORF1ab и мутации в S-гене штамма вируса, — пояснил профессор. — Тут нужно сказать, что мы провели не один, а серию анализов для каждой мутации отдельно, с необходимыми согласно методики повторами, анализ делался впервые по дизайну, разработанному нашей командой. Важно было не ошибиться».
Последним этапом стала компьютерная обработка результатов и сравнение с последовательностями, представленными в международных базах данных. Только после того, как специалисты Центра подтвердили мутации, указывающие на принадлежность к «британскому штамму», информация была передана в Министерство здравоохранения.
Анна НИМ.
