Она была построена в 1868 году недалеко от главного базара Чорсу Шарафиддином Зейнагобиддиновым (Шарафей-баем) – влиятельным татарским купцом, меценатом и первым председателем хозяйственного и общественного управления Азиатской части Ташкента.
В донесениях Военному губернатору Туркестанского края Шарафей-бай характеризовался как личность, «имеющая большое влияние на дела и народ».
Он прибыл в Ташкент во времена Кокандского ханства. Был лидером татарской общины Ташкента.
Комплекс, созданный Шарафей-баем, включал мечеть, медресе и жилые постройки. Здание мечети отличалось оригинальной архитектурой, сочетая купольные и деревянные элементы, резной ганч, художественную роспись и орнаментальные мотивы.
У мечети было вакуфное имущество: 3 лавки и 8 танапов (примерно 12,8 га) земли. Доходы шли на ремонт и зарплату имам-хатибу и суфию. В медресе (не сохранилось) в разное время училось от 20 до 90 шакирдов. Учащиеся содержались на средства Шарафей-бая.
После 1928 г. здание использовалось под коммунальные жильё и склады. Часть худжр и минарет были разобраны в начале 1960-х гг.
Несмотря на утраты и перестройки, оно сохранило значительную часть своей исторической ценности.
Надпись над михрабом мечети арабским шрифтом на узбекском языке гласит: «Благодарность тому, кто построил эту мечеть – пристанище знаний».
В настоящее время мечеть отреставрирована и восстановлена. Внутри разместилась галерея «Куштут», в которой экспонированы предметы исламской и татарской культуры — рукописи, старинные издания Корана и каллиграфические принадлежности.
Мечеть действует до сих пор, являясь жемчужиной, сохранившей традиции позднего средневекового зодчества.
