Музей является крупным научно-исследовательским и просветительским центром республики, фонды которого содержат богатое рукописное наследие поэтов и писателей Узбекистана. Он известен как ведущее научное учреждение в нашей стране с большим научным потенциалом в области текстологии и источниковедения.
К настоящему времени усилиями ученых Музея музейный фонд пополнился почти 2000 рукописями и литографированными книгами. Среди них «Куллият» Саади Ширази, переписанная в 1636 году, копия рукописи «Тухфатул ахрор» Абдуррахмана Джами, переписанная в 1578 году, «Махзан уль-Асрар» Низами Гянджеви, переписанная в XVI веке, «Хамса» Хусрава Дехлеви, переписанная в 1575 году, Фигани, Назима и другие. Особо выделяются старинные копии рукописных произведений Хирави, Абдуллы Хатифи, Хусейна аль-Кошифи, Темуршаха Афгани и других поэтов и писателей.
Безусловно, среди рукописей и литографий лидируют копии произведений Хазрата Навои. Редкий рукописный экземпляр произведения «Бадое’ ул-Бидая», хранящийся в фонде музея, был переписан еще при жизни Навои. Каллиграф Али ибн Нур закончил работу над рукописью в Герате в 891 году хиджры (1486 год). Это самая полная копия среди рукописей «Бадое уль-Бидая».
В последние годы группа ученых музея подготовила каталоги рукописей и литографических произведений, хранящихся в коллекции Музея, на узбекском, русском и английском языках, и представила их научному сообществу.
Недавно вышло новое издание Каталога музейных рукописей. Настоящее издание охватывает все рукописи, хранящиеся в собрании музея. Каталог содержит научное описание 1618 произведений из более чем 800 рукописей, хранящихся в фонде. Работы на арабском, персидском и турецком языках в основном связаны с литературой, историей, исламской философией, юриспруденцией, логикой, лингвистикой, медициной и другими областями.
