Гўри Амир мақбараси жаҳонга машҳур ва Ўрта Осиё меъморчилигининг ноёб асари сифатиа эътироф этилади.Мақбара қурилиши 1403 йилда Амир Темурнинг вориси Муҳаммад Султоннинг вафот этиши муносабати билан бошланган, Мирзо Улуғбек даврида тугалланган ҳамда Амир Темур ва темурийлар хилхонасига айлантирилган.
Мақбара ўрта аср Самарқандининг жанубий-шарқий қисмида, Темурнинг набираси МУҳаммад Султон XIV асрнинг охирида бино қилдирган ансамбл қошида тикланган.
Муҳаммад Султон 1403 йилда Кичик Осиё соҳилларига қилган узоқ сафаридан қайтиб келаётганда тўсатдан касал бўлиб вафот этади. Шаҳзоданинг жасади Самарқандга олиб келиниб, ансамблнинг жануб томнидаги айвони орқасидаги даҳмага дафн қилинади. Амир Темур шаҳзодага атаб мақбара қуриш ҳақида фармон беради. Шундан кейин дахма устига саккизёқли бино қурилади. Шурқ тарихчиси Шарафиддин Али Яздий бу бино «осмон каби баланд гумбаз, деворларининг пастки қисми зарҳал ва ложувард билан безатилган мармар тошдан қилинган», деб таърифлайди. Лекин бу ишларни Амир Темур охирига етказолмаган. У 1405 йилнинг бошларида вафот этди ва Муҳаммад Султон жасади ёнига дафн қилинди.
Амир Темур вафотидан кейин тахт учун ўзаро урушлар бошланиб кетиб, мақбарани қуриб тамомлашга халақит беради. Мамлакат 1409 йилдагина тинчийди. Амир Темурнинг ўғли Шоҳруҳ Мирзо Ҳиротни пойтахт қилади. Мирзо Улуғбекни эса Самарқанд ҳокими қилиб тайинлайди.
Амир Темурдан Мирзо Улуғбекка жуда кў бойликлар мерос қолади. Олимлар, ҳунармандлар ва рассомлар унинг ихтиёрига ўтади. У мамлакатда маданият ва қурилиш ишларини ривожлантириб юборади. Мирзо Улуғбек буюк бобосига ҳурмат юзасидан саккизёқли мақбарани темурийлар авлоди дафн қилинадиган мақбарага айлантиради. Мақбара битгач, Амир Темурнинг маънавий устози Мирсайид Бараканинг жасади шу мақбарага кўчирилади. Амир Темурнинг маънавий ўзи устозининг оёқ томонига дафн этилади. Баъзи ривоятларга қарагнда, Амир Темурнинг ўзи шундай васият қилган экан. Бинонниг ичи янгидан безатилади, мақбара саҳнига дахмалар қўйилиб, атрофи нафис мармар тошдан панжара қилинади.
Мақбарага 1424 йилда унинг шарқ томонига тақаб қурилган кўп гумбазли галереядан кирилади.
Мақбарада Амир Темурнинг ўғиллари — Мироншоҳ ва Шоҳруҳлар ҳам дафн қилинган.
Мақбаранинг ғарб ва жануб томонига ёндош қилиб қурила бошлаган, лекин чала қолган улкан иморатлар Мирзо Улуғбек ҳукмронлигининг сўнгги йилларига тўғри келса керак.
1449 йилда сиёсий инқироз натижасида Мирзо Улуғбек ваҳшиёна ўлдирилади. Буюк астрономнниг жасади Гўри Амир мақбарасида дафн қилинади.Баъзи маълумотларга қараганда, XVII асрда мадраса ишлаб турган, хонақоҳ биносидан эса вайроналаргина сақланган. XVIII асрнинг 20 чи йилларидаги ижтимоий ва иқтисодий инқироз даврида ҳувиллаб қолган Муҳаммад Султон мадрасаси харобага айлана бошлайди.
